Η πρώτη ιστορική αναφορά στην αιμορροφιλία βρίσκεται σε εβραϊκό κείμενο του 2ου αιώνα μ.Χ. (Rabbinical rulings), που αναφέρει την εξαίρεση από την περιτομή των αγοριών αν δύο προηγούμενα αδέλφια τους είχαν πεθάνει από αιμορραγία μετά την διαδικασία. Ο εβραϊκής καταγωγής γιατρός Μωυσής Μαϊμονίδης (1135-1204) εφάρμοζε αυτή την απόφαση στους γιους μιας γυναίκας που είχε παντρευτεί δύο φορές, αναγνωρίζοντας έτσι την κληρονομική φύση της πάθησης. Ο αραβικής καταγωγής γιατρός Albucasis (1013-1106) περιγράφει επίσης μια οικογένεια όπου οι άνδρες πέθαναν μετά από ασήμαντο τραυματισμό.

Η πρώτη σύγχρονη περιγραφή της αιμορροφιλίας αποδίδεται στον Dr. John Conrad Otto, γιατρό από τη Φιλαδέλφεια, ο οποίος το 1803 δημοσίευσε μια πραγματεία με τίτλο: “An Account of a Hemorrhagic Disposition Existing in Certain Families”, όπου ανέδειξε τη τάση των αρσενικών να αιμορραγούν. Η χρήση του όρου «αιμορροφιλία» καταγράφηκε για πρώτη φορά το 1823 από τον Hopff σε εργασία του για την πάθηση. Η αιμορροφιλία Β, που διαχωρίστηκε από την πιο συχνή αιμορροφιλία Α το 1952, ονομάζεται και νόσος Christmas, από το επώνυμο του πρώτου παιδιού που διαγνώστηκε με αυτή.

Η αιμορροφιλία είναι συχνά αναφερόμενη ως «βασιλική νόσος», κυρίως λόγω της διάδοσής της σε πολλές βασιλικές οικογένειες της Ευρώπης. Αν και η Βασίλισσα Βικτώρια δεν είχε προγόνους με τη νόσο, έγινε σαφές μετά τη γέννηση του 8ου παιδιού της, του Λεοπόλδου το 1853, ότι εκείνος έπασχε από αιμορροφιλία. Ο Λεοπόλδος απεβίωσε σε ηλικία μόλις 31 ετών από εγκεφαλική αιμορραγία μετά από πτώση.

Δύο από τις κόρες της Βασίλισσας Βικτώρια, η Αλίκη και η Βεατρίκη, ήταν φορείς της νόσου, με αποτέλεσμα η αιμορροφιλία να μεταφερθεί σε διάφορες βασιλικές οικογένειες της Ευρώπης, όπως αυτές της Ισπανίας και της Ρωσίας.

Ένας από τους πιο γνωστούς αιμορροφιλικούς ήταν ο γιος του Τσάρου Νικόλαου ΙΙ της Ρωσίας, Αλέξης, γεννημένος το 1904. Η ασθένειά του θεωρήθηκε ότι συντέλεσε στην προσχώρηση του Ρασπούτιν στην βασιλική οικογένεια, γεγονός που συνέβαλε στην τελική πτώση της δυναστείας των Ρομανόφ.